Odborníci budou provoz monitorovat a na podzim by pak měli vyhodnotit, zda a nakolik provoz a přítomnost lidí ovlivňují stav mumií a klima v katakombách.
Specialisté, kteří mumie obnovovali, si přímo v katakombách zřídili improvizovanou laboratoř. Mumie nejen odborně prozkoumali, ale hlavně mechanicky očistili, dezinfikovali a stabilizovali. Obnovili i systém vzduchových kanálků. Narušení systému pravděpodobně zapříčinilo větší vlhkost v katakombách a tím i nárůst mikroorganismů na mumiích.
Katakomby pod jezuitským kostelem Neposkvrněného početí Panny Marie a svatého Ignáce na klatovském náměstí byly vystavěny v roce 1656 zároveň se základy kostela. V kryptách pod kostelem odpočívalo kolem 200 mumifikovaných těl šlechticů, jezuitů a jiných klatovských osobností.
Přirozený systém větracích kanálů, který umožňoval konzervaci těl, byl narušen při přestavbě v roce 1937. Většina mumií tehdy podlehla zkáze a byla pohřbena na místním hřbitově. Počátkem 60. let byl větrací systém uveden do původního stavu a
větrání se zdokonalilo.