Turismus je v národním parku usměrňován a návštěvníci se musí pohybovat na většině ostrovů, v doprovodu průvodců a po vyznačených stezkách.
I přes deklarovanou ochranu představují Galapágy pro Ekvádor, kterému souostroví náleží od roku 1830, významný ekonomický potenciál.
V roce 1998 přinesly do státní pokladny více než 164 milionů dolarů, z nichž 43% tvoří turistika a 57 % připadá na rybolov, z něhož asi 40% tvoří lov tuňáka. Přestože se ekvádorská vláda snaží přijetím nových zákonů limitovat kolonizaci souostroví, je zřejmé, že tlak turistického a rybářského průmyslu neustále sílí, což se projevuje stále se zvyšující devastací tohoto koutu světa.
Kromě excesů, jakým bylo nedávné ztroskotání tankeru s naftou u ostrova Santa Cruz se jedná především o dlouhodobé negativní působení člověka. Patří k němu například zavlékání nepůvodních rostlin a živočichů z kontinentu, které pro křehký ekosystém představuje pomalou, ale jistou zkázu.
Na záchraně cenných rostlinných společenstev Galapág se podílí také český lesnický odborník, Ing. Hubert Čížek, jehož technologie pomáhá likvidovat nepůvodní a agresivní dřevinu chinovník.
Pokud na Galapágách panují normální podmínky, je tam počasí poměrně chladné, přestože jimi probíhá rovník. Je to způsobeno studeným Humboldtovým proudem, který od jihovýchodu přináší k souostroví chladné vody, jejichž teplota nedosahuje ani dvaceti stupňů. Letos má však až o pět stupňů více. Za tímto stavem se skrývá klimatický fenomen El Nińo, který se letos projevuje v plné síle a v jehož důsledku teď řádí mezi největšími ekvádorskými městy další z nesčetných bouřek provázených mohutnými lijáky.
Mořské proudy v okolí ostrovů vytvářejí ideální podmínky pro bohatý život zooplanktonu a zelených řas, které jsou základním článkem potravního řetězce pro celou řadu mořských živočichů počínaje drobnými korýši, přes pestrou škálu ryb, plazů, ptáků a velkými savci konče. Bohatost oceánu v okolí ostrovů je vyhlášená, čehož bohužel využívají rybářské flotily, připlouvající sem třeba až z dalekého Japonska.
V posledních letech se průmyslový rybolov, využívající moderní technologie včetně satelitních a radarových systémů, stále častěji dostává do konfliktu se snahou chránit jedinečný ekosystém souostroví. Do vlečných sítí jsou kromě tuňáků, hojně se vyskytujících severozápadně od ostrova Isabela, loveni také další živočichové (žraloci, želvy, lachtani a tučňáci), včetně těch přísně chráněných. Ekvádorská vláda proto přistoupila k regulaci rybolovu a vymezila kolem Galapág několik ochranných zón. Ve vzdálenosti cca 40 mil od ostrovů, v tzv. bílé zóně, je zakázán průmyslový rybolov. Může se zde lovit pouze pro potřebu místních rybářů. Západně, asi 5 mil od ostrova Isabela a Frenandina, je vymezena zóna pro lov tuňáků.
