Tvrz zde byla vystavěna již ve 14. století. Během 15. a první poloviny 16. století docházelo k četným úpravám objektu, zásadní přestavba však nastala až okolo roku 1560 za Tristrama z Předenic. Další úpravy pak následovaly v 17. a v polovině 18. století. V druhé polovině byl areál razantně přestavěn na pivovar. Jak je tedy zřejmé, areál tvrze v Dešenicích měl složitý stavební vývoj.
Nejstarší části komplexu je možné hledat v jeho severní části, kde stojí dvě budovy a původní prostor brány mezi nimi. Mohutný jižní palác vznikl nejspíše až při renesanční přestavbě objektu okolo roku 1560. V té době také vznikla dnešní vstupní věž. Určení bohatého stavebního vývoje objektu však komplikují zvláště pozdější účelové přestavby v době, kdy už zdejší tvrz nesloužila rezidenčnímu účelu. I tak se ovšem dnešní návštěvník může podivit nad mohutností a rozlohou zdejšího bývalého venkovského sídla.
