Třicet kilometrů dlouhý tok začíná svůj bouřlivý život ve výši 1009 metrů nad mořem na východním úbočí Můstku. Bystřina, zvaná zprvu též Zhůřecký potok, meandruje rašeliništními loukami kolem zaniklé samoty Šmauzy přes Starý Brunst k bývalé osadě Zhůří, jejíž nedávno obnovená kaplička svítí vysoko nad levým břehem říčky. Opuštěný kraj kolem Křemelné, zahrnující území bývalého vojenského prostoru Prášily, je dnes pravým eldorádem milovníků šumavské přírody.
Bystrý tok posilují přítoky - zleva Kepelský potok a zprava nejprve Slatinný potok z pramenišť pod Pancířem, a krátce poté i Jezerní potok, odvodňující kotlinu jezera Laka. Nejvýzna mnější posilu však představuje Prášilský potok, přivádějící do Křemelné vodu z masivu 1314 metrů vysokého Poledníku i z dalšího šumavského jezera - Prášilského. V řečišti přibývá peřejí i skalnatých prahů a dosud mělké lučinaté údolí se zahlubuje mezi zalesněné stráně. Od silničního mostu u zaniklé osady Vysoké Lávky, od soutoku s Prášilským potokem, je za vyššího vodního stavu Křemelná sjízdná, ovšem jen pro zkušené vodáky na krytých lodích. Splutí tohoto 15 km dlouhého úseku se spádem až 13 promile není ovšem náročné pouze vysokým stupněm obtížnosti (WW III-IV), ale vyžaduje i povolení správy národního parku.
Nejdivočejší partie se skrývají v pralesovitém údolí pod můstkem u Stodůlek. Nad burácejícím řečištěm, plným balvanitých kaskád, se na obou stranách zdvihají stěny hor s věkovitými smrčinami. Nejvýraznější z nich, stejnojmenná hora Křemelná, převyšuje údolí o téměř pět set metrů. Tímto úsekem však nevede žádná turistická cesta, vychutnat si však můžete údolí pohledem shora, od značené stezky, sledující po vrstevnici na otevřených pláních severní úbočí hory Křemelné přes samoty Zadní a Přední Paště. Odtud pak již snadno seběhneme ke kamennému mostu přes Otavu pod Čeňkovou Pilou. Nedaleký peřejnatý soutok Křemelné s Vydrou působí dosud na vnímavého poutníka až mystickou silou - ostatně inspiroval i Bedřicha Smetanu, který dojmy ze své návštěvy v roce 1867 zhudebnil v symfonické básni Vltava.
