Pozůstatky vily byly koncem 19. století objeveny pod jednou římskou bazilikou a odborníci se nejdříve domnívali, že to byl příbytek dvou světců, kteří v roce 362 zemřeli mučednickou smrtí.
Podle množství fresek ale patrně šlo o elegantní římskou usedlost obývanou vyznavači původních kultů. Malby například zobrazují honící se amorky, egyptská božstva a boha vína Bakcha. Smrt několika světců zachycují až starší fresky, což naznačuje, že dům později obýval majetný stoupenec křesťanství.
Po pádu Říma v roce 476 byla na místě Celiovy vily postavena bazilika svatého Jana a Pavla a mnoho místností antického domu přitom bylo zničeno.