Objevily se problémy s regulací vlhkosti a klimatizací. Během provozu přišli pracovníci knihovny na další nedostatky architektonického celku: příliš velkou vzdálenost mezi jednotlivými částmi, problémy s komunikací, potíže s doručováním knih do studoven a podobně. Na stavbu žehrali především pracovníci skladů a informační technici.
Knihovna musela dokonce již několikrát uzavřít své brány kvůli stávkám zaměstnanců. Černá série ale pokračovala: v květnu 1999 spadla na pět pracovníků knihovny skoro tunová mříž, v jedné ze studoven se odloupl kus stropu, prasklá voda opět poškodila část dokumentů. Následující měsíc vyřadil požár v blízkosti budovy z provozu tamní elektrickou síť a lehce zranil 19 zaměstnanců. Detektory kouře totiž selhaly.
Také zpočátku oslavovaný počítačový systém se ocitl pod palbou kritiky. Vyhledávání je dodnes složité, pomalé a často chybné. Celá síť už také několikrát selhala. "Doufáme, že ty největší potíže jsou již za námi, abychom se mohli konečně věnovat našim projektům," říká ředitelka knihovny Agnes Saalová. Opravy jsou v plném proudu: instalují se protiskluzové koberce, probíhá revize klimatizace, modernizace informačního systému a mění se systém distribuce knih.
Knihovnou denně projde kolem 2500 čtenářů z řad veřejnosti a asi tisícovka vědců. François Mitterrand si přál knihovnu "úplně nového žánru". Dnes tak mohou návštěvníci knihovny disponovat tou nejmodernější technikou. Samozřejmostí je volně přístupný katalog na síti, rezervace míst ve studovně a objednávání knih přes
internet. V audiovizuální studovně mohou čtenáři díky nejnovější technice čerpat také ze zvukových fondů knihovny.
